Ketibaan kapal selam ini di Malaysia pada 3 september 2009, telah menimbulkan kecurigaan kerana tidak pernah menyelam atau tenggelam . Kapal ini asyik terapung di permukaan air.

Pada 11 Februari 2010, Panglima Tentera Laut, Jeneral Laksamana Tan Sri Abdul Aziz Jaafar mengesahkan kapal selam KD Tunku Abdul Rahman mengalami kecacatan pada komponen (defect high pressure air blowing) yang boleh menjejaskan keselamatan kapal berkenaan jika ia menyelam. Kerosakan itu melibatkan bahagian yang menyalurkan tekanan air keluar masuk yang menyebabkan kapal itu gagal untuk dilancarkan ke bawah permukaan air.

Pada 17 Januari 2010,kapal selam itu tidak dibenarkan menyelam di di Pangkalan Tentera Laut Diraja Malaysia (TLDM) di Teluk Sepanggar, Sabah [7].Ini kerana kerosakan mekanikal dikesan pada kapal Scorpene binaan Perancis bernilai RM1 bilion itu . Ketika itu kerja penyelenggaraan dilakukan di Pangkalan Tentera Laut Diraja Malaysia (TLDM) di Teluk Sepanggar, Sabah. Ia hanyalah kerosakan kecil .Kerosakan mekanikal sedang dibaik pulih oleh kontraktor yang dilantik. Alat gantinya sudah diperoleh dan kerja menyelenggara sedang dilakukan.

Pada 22 Februari 2010, kapal selam ini akan menyelam buat pertama kalinya. Menteri Pertahanan Datuk Seri Ahmad Zahid Hamidi menyatakan kerosakan kecil telah diperbaiki oleh pihak pembekal kerana masih dalam tempoh jaminan.